Jeszcze jako zawodnik Nantes dostał się do sztabu selekcjonera reprezentacji Michela Hidalgo, u którego przez cztery lata terminował jako asystent. Ukoronowaniem wspólnej pracy było pierwsze w historii francuskiego futbolu mistrzostwo Europy, wywalczone na własnych boiskach w 1984 roku.

Po turnieju Hidalgo zrezygnował z prowadzenia kadry, a na swojego następcę wyznaczył właśnie Michela, który w tym samym roku, jako selekcjoner młodzieżowej reprezentacji, zdobył złoto na Igrzyskach Olimpijskich. Pierwszym sprawdzianem umiejętności nowego trenera były mistrzostwa świata 1986. Francuzi, z Platinim, Batsem, Tiganą i Giressem w składzie, po efektownych zwycięstwach nad faworyzowanymi Włochami i Brazylijczykami pewnie zmierzali do finału. W półfinałowym meczu z RFN przegrali jednak 0:2. Dzięki zwycięstwu w meczu o trzecie miejsce z Belgią Francuzi wracali do kraju a tarczą, a Michel pobił osiągnięcie swojego mistrza Hidalgo, który cztery lata wcześniej przegrał w meczu o brąz z Polską. W eliminacjach do mistrzostw Europy Trójkolorowi, mimo iż w grupie wylosowali m.in. Związek Radziecki i NRD, startowali z pozycji faworytów. Jednak już po pierwszych, bardzo słabych meczach (remis z Islandią, remis i porażka z Norwegią) stracili szansę na awans z grupy. Pierwszy raz w historii obrońca trofeum nie awansował do turnieju mistrzowskiego. Henri Michel ustąpił ze stanowiska, na rzecz swojego podopiecznego Platiniego, po słabym starcie do Mundialu 1990 w listopadzie 1988 roku.

Przez kolejne dwa lata pracował dla krajowego związku, a w 1991 roku, po nieudanej przygodzie w Paris Saint Germain, na prawie trzy lata zrezygnował z pracy szkoleniowej.

W połowie lat 90. rozpoczął się zupełnie nowy etap przygody trenerskiej Michela. Najpierw po niespodziewanym zwolnieniu Jules'a Nyonghy, na kilka miesięcy przed Mundialem 1994 został selekcjonerem Kamerunu, a później przez pięć lat trenował piłkarzy Maroka, z którymi w 1998 roku grał na Mistrzostwach Świata. Był również selekcjonerem ZEA. W 2001 roku na krótko powrócił do Europy, ale w greckim Arisie Saloniki pożegnano się z nim już po kilku pierwszych meczach. W tym samym roku wywalczył z Tunezją awans na Mundial 2002, ale szefowie federacji cztery miesiące przed turniejem postanowili go zdymisjonować. Oficjalnym powodem był słaby występ reprezentacji w Pucharze Narodów Afryki.

W 2003 roku prowadzona przez niego marokańska Raja Casablanca sięgnęła po najcenniejsze klubowe trofeum w futbolu afrykańskim - Puchar Mistrzów Afryki.

Od 2004 jest selekcjonerem Wybrzeża Kości Słoniowej, z którym pierwszy raz w historii wywalczył awans do mistrzostw świata. Jeśli Michel poprowadzi Didiera Drogbę i jego kolegów na tym turnieju, będzie to już czwarty udział tego trenera na światowym czempionacie (każdy z inny drużyną). Na cztery miesiące przed turniejem drużyna WKS wywalczyła wicemistrzostwo kontynentu na rozgrywanym w Egipcie Pucharze Narodów Afryki.

Przebieg kariery trenerskiej:
1980-84 - reprezentacja Francji, asystent Michela Hidalgo
1982-84 - reprezentacja Francji U-21
1984-88 - reprezentacja Francji
1988-90 - reprezentacja Francji, dyrektor techniczny
1990-91 - Paris Saint Germain
1994-94 - reprezentacja Kamerunu
1995-95 - Al Nassr Rijad (Arabia Saudyjska)
1995-00 - reprezentacja Maroka
2000-01 - reprezentacja Zjednoczonych Emiratów Arabskich
2001-01 - Aris Saloniki (Grecja)
2001-02 - reprezentacja Tunezji
2003-04 - Raja Casablanca (Maroko)
od 2004 - reprezentacja Wybrzeża Kości Słoniowej